Меня охватило чувство совершенного удовлетворения за Репина. Вот она, вещь, в уровень таланту… И как написано, боже, как написано!… Что такое убийство, совершенное зверем и психопатом?.. Отец ударил своего сына жезлом в висок! Минута… В ужасе закричал… схватил его, присел на пол, приподнял его… зажал одной рукою рану на виске (а кровь так и хлещет между щелей пальцев)… а сам орет… Этот зверь, воющий от ужаса… Что за дело, что в картине на полу уже целая лужа крови на том месте, куда упал на пол сын виском… Эта сцена действительно полна сумрака и какого-то натурального трагизма…
— И. Н. Крамской

Нельзя назвать картину исторической, так как этот момент... чисто фантастический
— Константин Петрович Победоносцев

Художник впал в шарж и непозволительное безвкусие, – говорил он открыто (уже тогда для этого требовалось известное мужество) учащимся Академии, – представив, вместо Царского облика, какую-то обезьяноподобную физиономию. В сознании каждого из нас, на основании впечатлений, вынесенных из чтения исторических повествований, из художественных пластических или сценических воспроизведений личности Иоанна Грозного, составился известный образный тип этого Царя, который не имеет ничего общего с представленным на картине г. Репина.
— Профессор Академии художеств Ф.П. Ландцерт



Картина сильно не понравилась императору Александру III и его окружению, в результате чего 1 апреля 1885 года была запрещена к показу, тем самым став первой картиной, подвергшейся цензуре в Российской Империи[4], а П. М. Третьякову, купившему картину, предписывалось «не допускать для выставок и вообще не дозволять распространения её в публике какими-либо другими способами». Запрет был снят через три месяца, 11 июля 1885 года, по ходатайству художника А. П. Боголюбова, близкого ко двору[4][1].
16 января 1913 года картина пострадала от трёх ударов ножом, которые нанёс двадцатидевятилетний иконописец, старообрядец, сын крупного мебельного фабриканта Абрам Балашов, после чего лица изображённых художнику пришлось воссоздавать фактически заново[4]. Хранитель Третьяковской галереи Е. М. Хруслов, узнав о порче картины, бросился под поезд[5]. Затем этот инцидент с Балашовым был использован сторонниками классической школы, чтобы начать гонения на авангардистов.
В октябре 2013 года группа историков и православных активистов, вдохновенные давним апологетом царя Ивана и сторонником его канонизации В. В. Бойко-Великим обратилась к министру культуры РФ Владимиру Мединскому с просьбой убрать картину из Третьяковской галереи, заявляя, что данное произведение оскорбляет патриотические чувства русских людей[6]. Директор Третьяковской галереи Ирина Лебедева заявила, что картина не будет убрана с постоянной экспозиции[7]. После этого арт-группа «Митьки» в насмешку над этой петицией объявила о том, что начало работу над картиной «Митьки дарят Ивану Грозному нового сына», которой при необходимости можно будет заменить полотно Ильи Репина[8].